Inspektorat Daerah Kota Manado sebagai salah satu Perangkat Daerah yang diatur berdasarkan Peraturan Wali Kota Manado Nomor 51 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi Serta Tata Kerja Perangkat Daerah mempunyai tugas pokok melakukan pengawasan terhadap pelaksanaan urusan Pemerintahan Daerah Kota Manado, pelaksanaan pembinaan atas penyelenggaraan Pemerintahan Daerah Kota dan urusan Pemerintahan Kota. Dengan susunan organisasi sebagai berikut:

1. Inspektur, sebagai pimpinan organisasi;

2. Sekretaris, membawahkan:

1. 1) Subbagian Administrasi dan Umum

3. Inspektur Pembantu Wilayah I

4. Inspektur Pembantu Wilayah II

5. Inspektur Pembantu Wilayah III

6. Inspektur Pembantu Wilayah IV

7. Inspektur Pembantu Investigasi

8. Kelompok Jabatan fungsional:

1. 1) Fungsional Auditor;
2. 2) Pengawas Penyelenggaraan Urusan Pemerintahan Daerah (PPUPD).